El acervo del museo se integra a partir de colecciones privadas adquiridas o donadas a lo largo del tiempo.
- Colección del Museo Universitario
Es la colección más antigua del museo, adquirida en 1814 cuando Giuseppe Emanuele Ventimiglia, príncipe de Belmonte, tras su muerte, lega su colección a la Universidad de Palermo. La Universidad, la vende al museo.
- Colección Antonino Salinas
En 1914, Salinas, a su muerte, lega la colección con 6641 piezas, que incluye libros, manuscritos, grabados, fotografías, objetos personales y 6000 monedas.
- Colección Pietro Bonci Casuccini
La colección fue puesta a la venta por los nietos de quien la constituye. En 1863, el Reino de Italia impide la venta, gracias a la intervención de Michele Amari, ministro de Educación en ese momento. El Estado adquiere la colección y la traslada al museo.
- Colección Etrusca
Consta de sarcófagos, lápidas, urnas y cerámica ática de figuras negras y rojas. Se considera la colección etrusca más importante fuera de la Toscana. Las piezas proceden de Chiusi, como parte de las excavaciones realizadas en las propiedades del conde Pietro Bonci Casuccini.