El museo cuenta con 20 salas permanentes, que son espacios del convento, en el claustro bajo y alto, que incluyen la cocina, la alacena, en ante refectorio, el refectorio, sala de profundis, las celdas, y otros espacios, donde se recrea como pudo ser la vida que aquí llevaban los frailes franciscanos.
En estas salas se muestran esculturas y pinturas con temas religiosos de los siglos XVI al XIX. Y también objetos y utensilios antiguos de uso cotidiano. Se exponen también armas y armaduras del período colonial.
La biblioteca que cuenta con más de 4500 volúmenes, escritos en latín y español impresos en los siglos XVI al XVIII en México, Italia, Francia, España, Alemania y Portugal. Y también se guarda el archivo parroquial de 1602 a 1971.
